A partir de 1209, o Papa Inocêncio III
procurou dar um novo aspecto, nomeando São Domingos em 1215 como Inquisidor
Geral. Em 1232 foi introduzida na Espanha e daí para toda a Europa.
Por este código impiedoso, foram julgados, além de muitos inocentes, cuja
culpa principal muitas vezes era o de serem ricos, muitos judeus e mouros foram
vítimas do fanatismo e da inveja. Muitos Maçons também foram vítimas da cruel
instituição. O Cardeal José Firrao condenava a morte não só todos os maçons,
como todo aquele que se manifestasse interesse em entrar para a Ordem.
Durante muitos anos o Santo Oficio que condenara a morte entre milhares
de pessoas, Giordano Bruno e até Galileu que foi condenado a reclusão perpétua
em uma casa de campo. o Santo Ofício, macomunado com a congregação do Index, chegou
a proibir a leitura de quatro mil livros, sobre a pena da excomunhão. Os próprios
teólogos católicos sofreram muitas dificuldades com este organismo.
Desautorado pelo Papa João XXIII, o index foi suprimido pelo Papa Paulo
VI, que iniciou a reforma do Santo Ofício, que passou a ter a denominação de
Congregação para a doutrina da Fé.
Na Maçonaria, a inquisição é o símbolo do obscurantismo e do fanatismo
prepotente.